Verbeterde detectie van Clavibacter in tomaat

Voor de detectie van Clavibacter in tomaat heeft Naktuinbouw in samenwerking met Groen Agro Control en de Divisie Plant van nVWA de bestaande toetsmethoden verbeterd.

Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Cmm) is een zaadoverdraagbaar pathogeen op tomaat dat grote economische schade kan veroorzaken. De bacterie veroorzaakt verstopping van de vaatbundels. Dit leidt tot verwelking, bladvlekken, vruchtsymptomen en uiteindelijk tot sterfte van de plant. Fytosanitair beleid is er op gericht te voorkomen dat besmette zaadpartijen in de opkweek terechtkomen door preventief te toetsen.

Lastig te detecteren
Het toetsen wordt vaak bemoeilijkt door de aanwezigheid van onschuldige bacteriën (saprofyten) die de detectie van Cmm verhinderen. Daarnaast duiken soms nieuwe Cmm-isolaten op die met de bestaande methode lastig te detecteren zijn. Gezien de in potentie grote schade van het pathogeen is het van groot belang de best mogelijke toetsmethoden toe te passen. Naktuinbouw heeft in samenwerking met Groen Agro Control en de Divisie Plant van nVWA (voorheen PD) gewerkt aan het verbeteren van bestaande toetsmethoden om Cmm te detecteren. Dit onderzoek werd door het Productschap Tuinbouw gefinancieerd en ondersteund door Syngenta Seeds en ISHI-NL.

Nauwkeurigheid
De detectie op aanwezigheid van Cmm in tomatenzaad begint met het uitplaten van een zaadextract op semiselectieve media. De groei van Cmm op deze media is verbeterd door de samenstelling zo te veranderen dat de groei van saprofyten geremd wordt, terwijl Cmm wel goed kan groeien. Het resultaat is dat saprofyten minder storen in de detectie van Cmm. Een bijkomend voordeel is dat Cmm iets sneller groeit, waardoor de verdachte bacteriën eerder kunnen worden gedetecteerd. De identiteit van verdachte bacteriën wordt vervolgens bevestigd met een real-time PCR. Op basis van in het project ontwikkelde primers kan met een grote nauwkeurigheid worden vastgesteld of de verdachte bacteriën inderdaad Cmm zijn.

Ontwikkeling noodzakelijk
Naktuinbouw Laboratoria biedt de verbeterde Cmm-toets sinds enige tijd aan. Toch lijkt de strijd nog niet gestreden. Zo nu en dan worden er weer nieuwe isolaten gevonden, waardoor verdere ontwikkeling van de toets noodzakelijk blijft. Naast de verbeterde toets blijft Naktuinbouw ook de oude toets aanbieden voor bedrijven die conform ISHI 3+ willen blijven toetsen, bijvoorbeeld in het kader van GSPP.