Bestuurlijk
Naktuinbouw is een stichting. Binnen die stichting hebben de drie tuinbouwsectoren bloemisterij-, boomkwekerij- en groentegewassen een eigen sectorbestuur. Deze besturen bestaan uit vertegenwoordigers van representatieve vakorganisaties als de Nederlandse Bond van Boomkwekers (NBvB), Plantum en LTO Nederland. De vakorganisatie benoemen hun afgevaardigden bij Naktuinbouw rechtstreeks. Op deze manier kan het bedrijfsleven inspraak uitoefenen op keuringssystemen, keuringsprogramma’s en tarifering van Naktuinbouw.
Naktuinbouw is een zelfstandig bestuursorgaan (ZBO) en is geen onderdeel van het Ministerie van Economische Zaken, Landbouw en Innovatie (EL&I). Wel dient Naktuinbouw voor haar werkzaamheden verantwoording af te leggen aan de minister van EL&I.
De sectorbesturen vaardigen elk twee leden af in het stichtingsbestuur. Dat bestuur bestaat dus daarmee uit zes leden onder leiding van een voorzitter wiens benoeming door de minister van EL&I moet worden goedgekeurd. Het bestuur wordt bijgestaan door een secretaris.
Besluitvorming
De besluitvorming ten aanzien van keurings- en inspectietaken vindt in de sectorbesturen plaats. Het is immers daar waar de vertegenwoordigers van het belanghebbende bedrijfsleven vormgeven aan de uitvoering van wettelijke taken uit hoofde van nationale en Europese regelgeving. Het stichtingsbestuur toetst de besluiten afkomstig van de sectorbesturen marginaal en zal op het punt van eerdergenoemde taken pas zelfstandig optreden indien een sectorbestuur in gebreke blijft, wat uiteraard een zeer uitzonderlijke situatie is. Samenvattend kan worden gezegd dat de inhoudelijke besluitvorming voor wat betreft het verkeer met teeltmateriaal, de uit te voeren fytosanitaire inspecties op mandaat ten behoeve van de afgifte van plantenpaspoorten en de officiële certificering van teeltmateriaal op sectorniveau plaatsvindt (de sectorbesturen worden daartoe ondersteund door Adviescommissies) en dat de formele vaststelling daarvan op algemeen niveau door het stichtingsbestuur geschiedt. De uiteindelijke goedkeuring van de genomen besluiten tot wijziging van keurings- en inspectievoorschriften ligt bij de Overheid (EL&I), teneinde algemeen verbindende werking te verkrijgen. Sinds 2006 heeft Naktuinbouw namelijk geen regelgevende bevoegdheid meer.